Durch frühere Gewässerausbau- und intensive Gewässerunterhaltungsmaßnahmen wurde die Ise und ihre Nebenbäche stark ausgebaut und begradigt. Noch immer ist die Sohle überwiegend strukturarm und von mobilen Sand geprägt.
Im Zuge verschiedener Naturschutzprojekte der Aktion Fischotterschutz e.V. konnten jedoch seit den 1990er Jahren Verbesserungen eingeleitet werden. So wurden fast 500 ha Fläche für den Naturschutz gesichert; Ackerland in extensives Grünland umgewandelt, Gewässerrandstreifen und Flutmulden angelegt, Gehölze gepflanzt, Ufersicherungen entfernt und die strukturelle Aufwertung des Gewässers eingeleitet. Damit wurde der Grundstein für eine naturnahe Entwicklung der Ise gelegt.
Heute ist die Ise ein wichtiger Lebensraum für Arten des Anhangs II der FFH-Richtlinie wie Steinbeißer, Bitterling, Neunauge, Grüne Keiljungfer und Fischotter. Die Ise mit ihren Nebenbächen wurde als Naturschutzgebiet sowie als FFH-Gebiet „Ise mit Nebenbächen“ ausgewiesen und geschützt.
In den vergangenen Jahren wurden flussabwärts der Blauen Brücke in Wahrenholz etwa 900 m Gewässerstrecke durch die Aktion Fischotterschutz und den Aller-Ohre-Ise-Verband revitalisiert. Mit einer weiteren Maßnahme soll die strukturelle Aufwertung flussaufwärts der Blauen Brücke auf 630 m Länge fortgesetzt werden. Durch Einbau von Hartsubstrat soll das Gewässerbett strukturell aufgewertet und eine Niedrigwasserrinne ausgebildet werden. Eine Umsetzung der Maßnahme ist für 2026 geplant.